Welcome to UCPH ERDA
Quick Start
New to ERDA?
If you haven't used ERDA before you need to first
I'm already on ERDA!
In case you already signed up, you can proceed with
You may also want to refer to the User Guide for a more thorough introduction, with help on getting started and making the most of your account.
About UCPH ERDA
University of Copenhagen - Electronic Research Data Archive (UCPH ERDA or just ERDA) is a storage, sharing and archiving facility provided by University of Copenhagen to employees and students. For now it is limited to the faculty of Science, but it may be extended to all of UCPH in the future to support the general UCPH Data Management Guidelines. ERDA delivers centralized storage space for personal and shared files in addition to archiving of e.g. PhD theses and research data for safe-keeping and publishing. It also comes with a file synchronization service similar to Dropbox, but with the data stored locally at UCPH.
Sensitive and Personal Data (GDPR)
Please note that while ERDA comes with a strong security focus, it is only a solution approved for general scientific data and not for highly sensitive data. In particular it is not for personal data classified as sensitive in the EU Regulation 2016/679 (General Data Protection Regulation). In case you need to work on such sensitive data we recommend the ERDA sister facility SIF, which is intended and approved for exactly that purpose.
Frequently Asked Questions (FAQ)
How much storage space do I have on ERDA?
There's no space quota as such on the general ERDA storage, but the huge
data sets known from high energy physics and bioinformatic databases are
examples of data contents not considered suitable for ERDA. Anything
within a few tens of terabytes should be fine, and we suggest that you
just have a word with us if you want to store more than that.
ERDA also includes a file synchronization service called Seafile, and
that particular part may not be so suitable for big data sets, so it
comes with a quota of 100 GB per user.
Is My ERDA Data Replicated and Backed Up?
All data on ERDA is automatically replicated over multiple disks with RAID technology. We do not currently guarantee automatic and complete backup of ordinary data in your ERDA home folder or in the Workgroup shares. That would simply not make sense for the biggest data sets there. So only files explicitly duplicated with the Archive feature get backed up to tape. This includes eventual remote tape backup for extra safety. We recommend our Seafile file synchronization service for any small to medium sized data sets, for which you want automatic file versioning. With that solution you generally have the ability to recover deleted files or 'roll back' files to earlier versions.
How do I Transfer Entire Folders to/from ERDA?
In the ERDA web interface you can only upload/download individual files,
so if you e.g. want to upload an entire folder structure there, first
pack the folder(s) in a zip or tar file, upload it as usual and then
use unpack from the right-click menu on the uploaded file.
Likewise you can use pack on a folder in ERDA, download and
unpack it locally.
Alternatively you can use the efficient file/folder handling described
in the Advanced Data Access sections of the user guide. That makes ERDA
appear like a network drive so that you can use your local file manager
to copy entire folders to ERDA.
Can I Share, Exchange and Publish Data in e.g. a Read-only Fashion on ERDA?
Yes, depending on the audience and dynamics of the data to share you can
use one of three overall methods.
For permanent read-only publishing just create a new archive from your
Archives page and make sure to mark it for public availability.
For more dynamic data you can either share in a read-write manner using
the Workgroup shares or make them read-only in the Workgroup
administration. Similarly you can do read-only sharing and publishing through the
Workgroup web pages. Both are built into the Workgroups and the web pages
come in a public and in a group-wide flavor, where the publishing is done
by Workgroup owners storing data in the public_base and private_base
workgroup subdirectories respectively on ERDA. Your Workgroups page
includes links to those and to the resulting web pages.
For quick data exchange with anyone and particularly people not on
ERDA, we recommend the Share Link feature. From your Files page you can
create a share link for a file or folder and choose what kind of read
and write access share link recipients should be granted. A similar
feature applies for any data you may store in our optional Seafile data
synchronization service. Just use the share by email feature to
similarly create upload or download shares with optional password and
time limit. Both share link methods include the option to send out an
invitation with the link directly on email, but they can of course also be
manually distributed by other means. Share links can also be accessed
with SFTP, FTPS and WebDAVS as described in the user guide.
Is it possible to get a DOI for my ERDA archive?
Yes, since June 2018 we integrate DOI registration.
A number of users have asked about the possibility of assigning a
Digital Object Identifier (DOI) to their published ERDA archives. It is
getting more common to use such DOIs in research papers in line with the
open-access and
Open science spirit.
UCPH has a license to mint DOIs
through DataCite and University
IT has developed a service to help do that, which we've integrated with
ERDA. In practice you create your ERDA freeze archive as usual and
select yes for Make Dataset Publicly Available. When satisfied
with the archive contents you click Finalize archive to
permanently freeze it. Afterwards you can use the Request archive DOI
button on the View archive details page to proceed with the UCPH DOI
registration form. At KUNet you can find a more
elaborate DOI introduction including a complete
visual walk-through of the process to create an archive and assign a DOI.
How Are Workgroups Managed?
Workgroups can be created by VIP and TAP employees and the creator of a workgroup automatically becomes owner. All user management is left to the owner(s) without interaction from the ERDA system administrators. Co-owners and members can be added either directly using the Swedish numberplate or email alias of the user, or indirectly if the user requests owner-/membership on the Workgroups page, and the owner(s) follow the instructions then sent on email about adding the user with the full user ID format.
Can I have a shared or separate account for our project?
No, we cannot allow such accounts or account aliasing, mainly due to
rules and regulations. In case of suspected or alleged abuse we need to
be able to uniquely identify who did what and when, and all kinds of
anonymous or shared accounts would prevent that. Please refer to
the UCPH information security policy for further details
about identity and traceability requirements.
So basically you need to use your own personal and clearly identifiable
account for all logins. What you can do is to use Workgroups to
store data in a shared group folder. In that way the data is not bound
to your account specifically and you and your project group can easily
manage all account access yourselves through the Workgroup admin
page.
Similarly share links can be used for access to particular subfolders if
you need to e.g. automate data upload from lab machines without storing
your personal login there. Please refer to the user guide for more details.
Why can't I use certain characters in file names?
ERDA prevents certain characters like "< > { | } * ? [ ]" in file names. You may already have run into similar limitations when naming files on your own PC or devices. In order to provide a secure and consistent experience across different platforms, web and advanced interfaces ERDA prohibits those and some more that are known to cause problems. Either because they are so-called control characters with a special potentially dangerous meaning on the storage systems or because they are known to interfere with the web interfacing and presentation. We are continuously evaluating the need for allowing more exotic characters but always with focus on not breaking existing interfaces and backends. Feel free to contact us about the possibility of allowing any additional characters that you may miss.
How do I install and run software XYZ in Jupyter?
We've added Jupyter integration in ERDA, so that you can run interactive
data analysis sessions e.g. in a Python or R environment with direct
access to all your ERDA data.
A number of software packages are already available in the different ERDA
Jupyter instances, but sometimes you may still want to run additional
software there. For Python and Jupyter extension packages it may work to simply
install temporarily with pip or pip3 inside the session via
the Terminal in the main Jupyter Launcher window, or
by writing a standard Python requirements.txt file in your ERDA
home and run it interactively with something like
pip3 install -r requirements.txt from the Jupyter
Terminal.
Please note that you need to use python2 or python3
specifically if you want to use such pip or pip3 installed packages
respectively directly from the Terminal.
Alternatively you can install Python software dependencies like e.g. the
scikit-image package directly in the Jupyter Notebook itself by evaluating
!pip3 install scikit-image in a cell.
At the moment installing software that requires compilation or come with other
external dependencies is typically not supported. We're
working on a framework to allow some self-service customization of the
Jupyter instances. Until then you can contact us at our support email if
you have additional software wishes. Then we will see if they can be
fulfilled - but we can't give any promises.
Can I get or keep an ERDA account without a UCPH account?
Yes, as long as you need an ERDA account for a project collaboration
with one or more employees at UCPH it is possible to get one, even if you
don't have a general UCPH account. Likewise it is possible to preserve
access to your ERDA account beyond your employment at UCPH in case you
need it to keep collaborating with a remaining employee.
IMPORTANT: please note that UCPH management requires all such users not
employed at UCPH to explicitly register with their affiliation to a local
user. So please include a reference to your associate/advisor at UCPH
Science in the comment field when you fill in the OpenID or certificate
account request described below.
Our general username+password access described in the user guide relies on
the OpenID login from Koncern-IT / University IT and they strictly use
the UCPH user database. So only users with an account there can use that login.
However, we provide two alternative access methods, namely a similar
username+password login using our own separate OpenID login service, and
another one relying on user certificates for added security.
You can sign up for an ERDA account with OpenID access with the
Other User OpenID Signup button on the sign
up page. If you already have an ERDA account and just want to
enable this OpenID login before your UCPH login expires you can use the
same procedure, but then you need to make sure you enter the exact same account
fields in the signup form. Please ask us if in doubt.
After the ERDA admins accept your OpenID account/access request
you can use your registered email address along with your chosen
password for log in.
In case you want the extra secure access instead you need to request and
install one of our grid certificates as described on the
corresponding getting started page. As
you can see in the user-cert-import guide there, the certificate install
process takes quite a few steps, but then at least login gets simpler
afterwards. After installing your certificate you can use it first to
sign up for your ERDA account and then
afterwards to log in.
Status and News
You can always refer to our separate status and news overview for the latest ERDA/SIF system status as well as information about new or changed features.
Questions and Support
The user guide provides basic information about using ERDA, but feel free to contact us using the email link at the bottom of the page in case you have any further questions or comments (in English or Danish).
Terms of Use
ERDA comes with only few restrictions and they should be in line with
basic common sense.
For the complete details please refer to the
official terms of use always
available from here, in addition to our site privacy and cookie policies
linked at the bottom.
Velkommen til UCPH ERDA
Hurtigt igang
Ny på ERDA?
Hvis ikke du har brugt ERDA før, skal du først igennem
Jeg er allerede på ERDA!
Hvis du allerede har tilmeldt dig ERDA, kan du gå direkte til
Vi anbefaler at du også ser nærmere på ERDA Brugervejledningen for en grundigere introduktion, med hjælp til at komme igang og få størst nytte af din konto.
Om UCPH ERDA
University of Copenhagen - Electronic Research Data Archive (UCPH ERDA eller blot ERDA) er et lager-, delings- og arkiveringssystem leveret af Københavns Universitet til ansatte og studerende. I første omgang er det begrænset til Det natur- og biovidenskabelige fakultet (Science), men på længere sigt vil det muligvis blive udbredt til hele KU for at understøtte KUs generelle data management forskrifter. ERDA leverer centraliseret lagerplads for personlige - og delte filer samt arkiveringsfaciliteter til f.eks. Ph.D.-afhandlinger og forskningsdata for datasikring og publicering. Desuden tilbydes en filsynkroniserings-service i stil med Dropbox, men med datalagringen lokalt på KU.
Følsomme - og personhenførbare data (GDPR)
Bemærk venligst at selvom ERDA har fokus på stærk sikkerhed, så er det kun en løsning til generelle forskningsdata og ikke til følsomme data. Herunder specielt ikke personhenførbare data klassificeret som følsomme i EUs persondataforordning (forordning 2016/679, også kendt som GDPR). Såfremt du har behov for at arbejde på sådanne sensitive data anbefaler vi i stedet at benytte ERDAs søster-facilitet SIF, som netop er beregnet og godkendt til det formål.
Ofte stillede spørgsmål (OSS)
Hvor meget plads har jeg på ERDA?
Vi håndhæver ikke som sådan pladskvoter på selve ERDA datalageret, men
kæmpe datasæt, som dem man kender fra højenergi-fysik eller
bioinformatik-databaser, er eksempler på indhold, som ikke regnes for
egnede til lagring på ERDA. Så længe vi taler datamængder op til en snes
terabytes, skulle der ikke være nogen problemer. Hvis du gerne vil gemme mere
end det, kan det sikkert også lade sig gøre - bare tag en snak med os om
det.
ERDA inkluderer også en filsynkroniserings-service ved navn Seafile, og
den er sandsynligvis ikke så velegnet til kæmpe datasæt, så den har en 100 GB
kvote for hver bruger.
Er mine ERDA data replikerede og med backup?
Al data på ERDA er automatisk replikeret over flere diske v.h.a. RAID-teknologi. Vi garanterer ikke i øjeblikket automatisk og fuldstændig backup af almindelige data i din ERDA brugerfolder eller i Workgroup shares. For de største datasæt dér giver det simpelthen sjældent mening med sådan automatisk backup. Så kun filer som eksplicit er gemt som Archive bliver der gemt backup af. Det inkluderer også efterfølgende automatisk kopi til bånd på en fjernlokation for ekstra sikkerhed. Vi anbefaler vores Seafile filsynkroniserings-service til små og mellemstore datasæt, for hvilke man ønsker automatisk filversionering. I den løsning har man generelt mulighed for at kunne genskabe slettede filer eller 'spole tilbage' til tidligere versioner.
Hvordan overfører jeg hele foldere til/fra ERDA?
På dine ERDA websider kan du kun uploade/downloade enkeltfiler, så hvis
du f.eks. vil uploade hele foldere den vej, må du først pakke dem i en
zip- eller tar-fil, som du derefter uploader som vanligt og endelig
udpakker med unpack fra højreklik-menuen på den uploadede
fil.
Tilsvarende kan du bruge pack på en ERDA folder, downloade den
pakkede fil og udpakke lokalt.
Alternativt kan du benytte den effektive fil/folder-håndtering som
beskrevet i afsnittene om Avanceret datatilgang i brugervejledningen. På
den måde kan ERDA tilgås som et netværksdrev så du kan benytte din
almindelige filhåndtering til at kopiere hele foldere til og fra ERDA.
Kan jeg dele, udveklse og publicere ERDA data f.eks. så der kun er læse-adgang?
Ja, der er overordnet tre forskellige måder at gøre det på afhængigt af
hvor dynamiske data er, og hvem du vil dele med.
Permanent skrive-beskyttet publicering gøres bedst med Archives og
markering af at data skal arkiveres offentligt.
Når det drejer sig om dynamiske data er det muligt at dele med læse- og
skrive-adgang via de almindelige Workgroup shares, samt at skifte
sådanne shares til kun at give læse-adgang på administrationssiden. Det
er også muligt at lave skrivebeskyttet deling og publicering via de
tilknyttede Workgroup web sider. Begge følger automatisk med alle
Workgroups og sidstnævnte findes i en udgave med offentlig adgang og en
kun for gruppens deltagere. Publicering den vej foregår ved at Workgroup
ejere gemmer data i de tilhørende public_base hhv private_base workgroup
undermapper på ERDA. På din Workgroups side finder du links til disse og
til de resulterende web-sider.
Til hurtig udveksling af data med hvem som helst, herunder ikke mindst folk
som ikke er på ERDA, kan vi anbefale Share Link metoden. Fra
din Files side kan du oprette et share link og vælge hvilken kombination
af læse- og skrive-adgang modtageren skal gives. En lignende
funktionalitet findes for data gemt i den ekstra Seafile
filsynkroniserings-service. Her hedder den del via e-post og
tillader udover tilsvarende upload- og download-delinger også mulighed
for kodeord og tidsbegrænsning. Begge share link metoder inkluderer
muligheden for at udsende en invitation med link direkte på email, men
det kan naturligvis også gøres manuelt via andre kanaler.
Er det muligt at få et DOI til mit ERDA archive?
Ja, vi har fra juni 2018 haft DOI-registrering integreret.
En del brugere har spurgt til muligheden for at tildele en
Digital Object Identifier (DOI) til deres publicerede ERDA archiver. Det
bliver mere og mere almindeligt at benytte DOIer i forskningsartikler i
tråd med open-access og
Open science-ånden.
KU har licens til at udstede DOIer
via DataCite og KU-IT har
udviklet en service til formålet, som vi har integreret med ERDA.
I praksis laver du dit ERDA freeze archive som hidtil og sørger for at
vælge yes til Make Dataset Publicly Available. Når du er
tilfreds med indholdet i arkivet klikker du Finalize archive for
at fryse det permanent. Derefter kan du benytte Request archive DOI-knappen
fra View archive details til at gå videre med KU DOI
registreringsformularen.
På KUNet findes
en nærmere DOI-introduktion inklusiv en trinvis
visuel gennemgang af hele processen med at lave et arkiv og tilknytte DOI.
Hvordan styres Workgroups?
VIP- og TAP-ansatte kan oprette workgroups og de bliver derved automatisk ejere af den nye workgroup. Al brugerstyring er ejernes ansvar og foregår uden indblanding fra systemadministratorerne på ERDA. Medejere og medlemmer kan enten tilføjes direkte ved at indtaste brugerens svenske nummerplade eller email på Workgroup Management siden eller ved at brugere anmoder om owner-/membership på Workgroups-siden, og ejerne følger de derved emailede instruktioner om at tilføje brugeren vha det komplette bruger-ID.
Kan jeg få en delt eller særskilt konto til vores projekt?
Nej, vi kan ikke tillade sådanne delte eller særskilte konti, især
pga love og regler. I tilfælde af mistanke eller anklager om
kontimisbrug er det strengt nødvendigt at vi entydigt kan afgøre præcis
hvem der gjorde hvad og hvornår. Det er helt uforeneligt med alle former
for anonyme eller delte konti. Vi henviser
til KUs Informationssikkerhedspolitik for nærmere
detaljer omkring krav omkring identitet og sporbarhed. Hvad
man kan gøre er at benytte Workgroups til at opbevare data i en
delt gruppemappe. På den måde er data ikke bundet specifikt til din
private konto og du og din projektgruppe kan nemt selv styre al
kontoadgang dertil via Workgroup'ens admin-side.
Det er desuden muligt at benytte sharelinks til at give adgang til
specifikke undermapper, i tilfælde af at man f.eks. har brug for at
automatisere data-upload fra laboratoriemaskiner uden at have sit
personlige login flydende rundt. Se venligst brugervejledningen for
nærmere detaljer.
Hvorfor er der tegn jeg ikke kan bruge i filnavne?
ERDA afviser enkelte tegn så som "< > { | } * ? [ ]" i filnavne. Måske du allerede har oplevet lignende begrænsninger i navngivningen af filer på din PC eller andre enheder. For at kunne levere en sikker og ensartet brugeroplevelse på tværs af platforme, web og avancerede brugergrænseflader afviser ERDA disse og visse andre som er kendt for at skabe problemer. Hvadenten det er fordi de er såkaldte kontroltegn med en speciel og potentielt skadelig betydning på lagersystemerne eller fordi de vides at forstyrre web-brug og -visning. Vi evaluerer løbende på behovet for at tillade yderligere eksotiske tegn, hele tiden under krav om hverken at skade brugergrænseflader eller bagvedliggende systemer. Du er naturligvis velkommen til at kontakte os angående at få yderligere tegn du måtte savne tilladt.
Hvordan installerer og kører jeg software XYZ i Jupyter?
Vi har integreret Jupyter i ERDA, så man som bruger kan lave interaktiv
dataanalyse i f.eks. Python eller R og med direkte adgang til alt sit
ERDA-data.
Jupyter-miljøet har forskellige images med en stribe software-pakker
installeret, men nogle gange kan det stadig være bekvemt at køre
yderligere special-software. Nogle udvidelser til Python og Jupyter kan
installeres midlertidigt med pip eller pip3 via en Terminal fra
Jupyter hovedsiden, eller ved at skrive en standard Python
requirements.txt fil i ens ERDA mappe og køre den ved Jupyter
opstart med noget i stil med
pip3 install -r requirements.txt fra Jupyter-terminalen.
Man kan alternativt installere Python software-afhængigheder som f.eks.
scikit-image pakken direkte i Jupyter Notebooks ved at evaluere
!pip3 install scikit-image i en celle.
I øjeblikket er installation af software som kræver kompilering eller
har eksterne afhængigheder typisk ikke understøttet. Vi arbejder på at
udvikle en gør-det-selv tilpasning af Jupyter-instanserne, så det i noget
omfang bliver muligt. Indtil da er fremgangsmåden at skrive til vores
support-email med evt ønsker om yderligere software. Så undersøger vi om
det er muligt at tilføje - men vi kan ikke love noget.
Kan jeg få eller beholde en ERDA-konto uden en KU-konto?
Ja, sålænge du har brug for en ERDA-konto til et projektsamarbejde med
en eller flere ansatte på KU, er det muligt at få en sådan, også selv om
du ikke har en generel KU-konto. Ligeledes er det muligt at beholde
adgang til din ERDA-konto efter endt ansættelse, såfremt du har brug for
den til samarbejde med en vedblivende ansat.
VIGTIGT: bemærk at KU-ledelsen har bedt om at sådanne brugere som ikke
er ansat på KU registrerer sig med eksplicit tilknytning til en lokal
bruger. Så henvis venligst til din samarbejdspartner/vejleder på KU Science i
kommentarfeltet når du anmoder om OpenID- eller certifikat-adgang i
formularen beskrevet nedenfor.
Vores generelle adgangskontrol med brugernavn+kode, som beskrevet i
brugervejledningen, benytter OpenID-login fra KU Koncern-IT og er dermed
strengt knyttet til KUs brugerdatabase. Den kan derfor kun benyttes af
brugere med en KU-konto.
Vi tilbyder dog to alternativer for adgang uden en KU-konto. Den ene er
ligeledes med brugernavn+kode via vores egen selvstændige OpenID-login
service og den anden benytter brugercertifikater for ekstra høj sikkerhed.
Du kan tilmelde dig ERDA og få OpenID-adgang til din konto vha
Other User OpenID Signup-knappen
under tilmelding.
Såfremt du allerede har en ERDA-konto, som du blot gerne vil bevare
OpenID-adgang til, kan du benytte selvsamme side. Blot skal du være
opmærksom på at udfylde formularens felter, så de stemmer nøjagtig
overens med din nuværende konto. Spørg endelig hvis du er i tvivl.
Når systemadministratorerne på ERDA har godkendt din OpenID-konto/adgang, kan du
bruge din registrerede emailadresse sammen med din selvvalgte kode
til log ind.
For den yderligere sikrede løsning skal du i stedet anmode om - og
installere et af vores grid-brugercertifikater, jvf den
tilhørende sådan kommer du igang
side. Som det fremgår af user-cert-import guiden dér, kræver
certifikat-installationen en del trin, men i det mindste er login så
efterfølgende simplere. Når du har installeret dit certifikat kan du
bruge det først i ERDAs tilmelding og
efterfølgende til log ind.
Status og nyheder
Man kan altid benytte den særskilte side med status- og nyheds-overblik til at se den aktuelle driftstatus for ERDA/SIF samt finde nærmere information omkring ny eller ændret funktionalitet.
Spørgsmål og hjælp
Brugervejledningen indeholder basal information om brugen af ERDA, men kontakt os gerne (på dansk eller engelsk) med øvrige spørgsmål og kommentarer v.h.a. email-linket nederst på siden.
Brugerregler
ERDA er kun begrænset af få regler, og de skulle gerne være i tråd med
almindelig sund fornuft.
De fuldstændige detaljer vil altid være at finde i de
officielle terms of use her fra siden,
i tillæg til vores site privacy og cookie policy via links nederst.